คณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย เป็นคณะเภสัชศาสตร์แห่งแรกของประเทศไทย

ก่อตั้งขึ้นในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว  (รัชกาลที่ ๕) โดย สมเด็จพระเจ้าบรมวงศ์เธอ กรมพระยาชัยนาทนเรนทร เมื่อวันที่ ๘ ธันวาคม พ.ศ. ๒๔๕๖ ซึ่งในวันดังกล่าวถือว่าเป็นวันสถาปนาคณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และเป็นวันสถาปนาวิชาชีพเภสัชกรรมในประเทศไทยจากโรงเรียนปรุงยาสู่การยกระดับเป็นคณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย 

คณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ถือกำเนิดจากโรงเรียนปรุงยาหรือแผนกปรุงยาแห่งโรงเรียนราชแพทยาลัย ในบริเวณโรงศิริราชหรือโรงพยาบาลศิริราชในปัจจุบัน ต่อมาในวันที่ ๒๖ มีนาคม พ.ศ. ๒๔๕๙ พระบาทสมเด็จพระมงกุฎเกล้าเจ้าอยู่หัว (รัชกาลที่ ๖) ทรงประดิษฐานโรงเรียนข้าราชกาลพลเรือนของพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ขึ้นเป็นจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย และมีประกาศ ในวันที่ ๖ เมษายน พ.ศ. ๒๔๖๐ ให้รวมโรงเรียนราชแพทยาลัยเข้าสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยเป็นคณะแพทยศาสตร์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย โรงเรียนปรุงยาจึงได้โอนย้ายสังกัดตามโรงเรียนราชแพทยาลัยเป็นแผนกปรุงยาคณะแพทยศาสตร์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย 

ในปี พ.ศ. ๒๔๗๕ ปทานุกรม กระทรวงธรรมการโดยการสนับสนุนของเภสัชกร ร้อยเอก หวาน หล่อพินิจ ให้ใช้คำว่า “เภสัชกรรม” แทนคำว่า “ปรุงยา ดังนั้นในวันที่ ๗ มีนาคม พ.ศ. ๒๔๗๗ โรงเรียนปรุงยาจึงได้เปลี่ยนชื่อเป็นแผนกหรือโรงเรียนเภสัชกรรม แผนกหรือโรงเรียนเภสัชกรรม และได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นแผนกอิสระเภสัชกรรมศาสตร์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยฉบับใหม่ในขณะนั้น

ในวันที่ ๑๙ พฤษภาคม พ.ศ. ๒๔๘๒ ได้มีคำสั่งแต่งตั้งจากจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยให้ ฯพณฯ เภสัชกร ดร. ตั้ว ลพานุกรม อธิบดีกรมวิทยาศาสตร์และรัฐมนตรีในขณะนั้น ดำรงตำแหน่งหัวหน้าแผนกอิสระเภสัชกรรมศาสตร์อีกตำแหน่งหนึ่ง มีการจัดการศึกษาวิชาเภสัชศาสตร์เต็มรูปแบบ และมีการจัดสร้างอาคารเรียนของแผนกอิสระเภสัชกรรมศาสตร์ขึ้นเป็นครั้งแรก  เปิดใช้เมื่อวันที่ ๒๔ มิถุนายน พ.ศ. ๒๔๘๒ (อาคารคณะศิลปกรรมศาสตร์ในปัจจุบัน)

ต่อมาในวันที่ ๒ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๔๘๘ ได้มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ขึ้น โดยแยกเอาคณะแพทยศาสตร์แห่งจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย (ศิริราช) แผนกอิสระเภสัชกรรมศาสตร์ แผนกอิสระทันตแพทยศาสตร์    และแผนกอิสระสัตวแพทยศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ขึ้นเป็นคณะแพทยศาสตร์ศิริราชพยาบาล คณะเภสัชกรรมศาสตร์ คณะทันตแพทยศาสตร์ และคณะสัตวแพทยศาสตร์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์

ในวันที่ ๒๑ กุมภาพันธ์ พ.ศ. ๒๕๑๒ ได้มีพระบรมราชโองการให้เปลี่ยนชื่อมหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์เป็นมหาวิทยาลัยมหิดล คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยแพทยศาสตร์ จึงได้เปลี่ยนชื่อเป็น “คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล” จนกระทั่งในปี พ.ศ. ๒๕๑๕ ได้มีคำสั่งคณะปฏิวัติลงวันที่ ๑๓ เมษายน พ.ศ. ๒๕๑๕ ให้คณะเภสัชศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดลที่ตั้งอยู่ในบริเวณจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ย้ายเข้าสังกัดจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย จึงเปลี่ยนชื่อคณะเป็น “คณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย” เช่นในปัจจุบัน

หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิตระยะเวลาการศึกษา ๕ ปี ได้ถูกปรับปรุงใช้ตั้งแต่ในปี พ.ศ. ๒๕๐๐ ครอบคลุมวิชาการศึกษาและวิทยาการสมัยใหม่อย่างกว้างขวาง มีการปรับชื่อจาก “แผนกวิชา” เป็น “ภาควิชา” แบ่งออกเป็น ๑๐ ภาควิชา และในปี พ.ศ. ๒๕๐๙ ได้มีการเพิ่มบทบาทเภสัชกรในการดูแลผู้ป่วยมากขึ้นจึงได้มีการเพิ่มวิชาเภสัชกรรมโรงพยาบาลขึ้นเป็นครั้งแรก อย่างไรก็ตามการปรับปรุงการศึกษายังเป็นไปอย่างต่อเนื่อง ปัจจุบันคณะเภสัชศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัยได้ใช้หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิตฉบับปรับปรุง พ.ศ. ๒๕๕๒ โดยแบ่งเป็น ๒ สาขา คือ หลักสูตรเภสัชศาสตรบัณฑิต สาขาเภสัชศาสตร์ และหลักสูตรเภสัชศาสตบัณฑิต สาขาบริบาลทางเภสัชกรรม โดยใช้ระยะเวลาการศึกษา ๖ ปี

อาคารคณะเภสัชศาสตร์ สถานที่ตั้งของคณะฯ ปัจจุบันอยู่บริเวณสยามสแควร์ ประกอบด้วยอาคารต่าง ๆ ได้แก่

1. อาคารคณะเภสัชศาสตร์ เป็นอาคารหลังแรกที่ถูกสร้างขึ้นหลังจากย้ายมาที่บริเวณสยามสแควร์
2. อาคาร ๘๐ ปี เภสัชศาสตร์ สร้างขึ้นเพื่อเฉลิมฉลองการศึกษาเภสัชศาสตร์ครบ ๘๐ ปี เมื่อเดือนสิงหาคม พ.ศ. ๒๕๓๖
3. อาคารนวัตกรรมทางเภสัชศาสตร์ เปิดใช้เมื่อ ๒๕ มิถุนายน พ.ศ. ๒๕๕๒
4. อาคารสัตว์ทดลอง (อยู่ระหว่างดำเนินการ)