ภาควิชาอาหารและเภสัชเคมี มีการบริหารงานเป็นแบบผสมผสาน โดยในด้านวิชาการ ได้แบ่งการบริหารอิสระเป็น 2 สาย ได้แก่ สายอาหารเคมีและโภชนศาสตร์ทางการแพทย์ และสายเภสัชเคมี โดยมีจุดมุ่งหมายเพื่อผลิตบัณฑิตทางเภสัชศาสตร์ในระดับปริญญาบัณฑิต ที่มีความรู้ความสามารถในด้านเภสัชเคมีและการประกันคุณภาพเภสัชภัณฑ์ ตลอดจนการวิจัยและค้นพบยา นอกจากวิชาการด้านยาแล้ว ทางภาควิชาฯ ยังรับผิดชอบการสอนด้านอาหารเคมีและโภชนศาสตร์ เพื่อให้นิสิตมีความรู้ทางด้านอาหารและโภชนาการ ผลิตภัณฑ์อาหารทางการแพทย์ โภชนเภสัชภัณฑ์ โภชนบำบัด และงานคุ้มครองผู้บริโภคด้านอาหาร ภาควิชาฯ เป็นหน่วยงานที่มีศักยภาพในการบุกเบิก สร้างและพัฒนาองค์ความรู้ในด้านยา อาหาร และผลิตภัณฑ์สุขภาพ สามารถเป็นแหล่งอ้างอิงและชี้นำสังคมได้